Com a criação da Universidade de São Paulo pelo Decreto Estadual 6283, de 25 de janeiro de 1934, do então Interventor Federal em São Paulo, Armando de Salles Oliveira, e com seus estatutos regulamentados pelo Decreto Estadual 6533 de 04 de julho de 1934, o IAG, na época denominado Instituto Astronômico e Geográfico, passou a ser considerado instituto complementar da Universidade.

Na condição de instituto complementar da USP, o IAG permaneceu com sua parte administrativa subordinada à Secretaria da Agricultura, Industria e Comércio, à qual pertencia, cabendo ao Conselho Universitário da USP, entretanto, dar-lhe orientação científica para prestar os serviços de pesquisa que dele eram separados.

Em 1946 o IAG foi definitivamente incorporado à USP pelo Decreto Estadual 16622, de 30 de dezembro de 1946, com a mesma denominação e finalidade, passando a categoria de instituto anexo, o que significava ter a função de instituto de pesquisa, sem nenhuma obrigação quanto ao ensino universitário. Na época o instituto estava sob à direção de Alypio Leme de Oliveira, que permaneceu no cargo até 1955, quando se aposentou. Para substituir Alypio Leme de Oliveira, foi indicado o Professor Abrahão de Moraes, docente da USP, que permaneceu nesse cargo até seu falecimento, em dezembro de 1970.

Com o falecimento do Professor Abrahão e sem uma estrutura institucional que regulamentasse a indicação de um substituto, a solução encontrada foi incorporar o então Instituto Astronômico e Geofísico ao Instituto de Geociências, uma unidade da USP, formando um de seus departamentos - o de Astronomia e Geofísica - condição em que permaneceu por alguns meses.

Em março de 1971, o então reitor da Universidade Miguel Reale decidiu reestabelecer a autonomia do Instituto designando um conselho diretor através da Portaria GR nº 1424, de 17 de março de 1971. O Conselho diretor, nomeado pelo reitor, ficou composto pelos Professores Doutores Paulo Benevides Soares, do IAG, Giorgio Eugênio Oscare Giacaglia, da Escola Politécnica, Waldyr Muniz Oliva, do Instituto de Matemática e Estatística, e pelo suplente Professor Doutor José Luiz de Almeida Junqueira Filho, também da Escola Politécnica.

Pelo Decreto Estadual 52907, de 27 de março de 1972, o IAG foi transformado em unidade da USP. Pela Portaria GR nº 1809, de 26 de maio de 1972, foi estabelecida a departamentalização do IAG, que passou a ser constituído pelos Departamentos de Astronomia, Geofísica e *Meteorologia.