A Congregação é o órgão consultivo e deliberativo superior de cada unidade de ensino e pesquisa da USP. Ela é presidida pelo diretor da unidade, e sua composição inclui ainda o vice-diretor, os presidentes das comissões de Graduação, Pós-Graduação, Pesquisa e Cultura e Extensão, os chefes dos departamentos, e representantes docentes, discentes e de servidores técnico-administrativos. A composição da Congregação é regulada pelo Estatuto da USP (Título V, Capítulo II, Artigo 45). As atribuições são instituídas pelo Regimento Geral da USP (Título III, Capítulo I, Artigo 39).